L’organe de gestion, quant à lui, est représenté par un Directeur Général qui est nommé par décret pris en Conseil des Ministres sur proposition du conseil d’administration.
Le Directeur général assure la gestion quotidienne et la bonne marche de l’agence. Il est responsable de l’exécution, de la coordination et de la gestion des activités de l’agence dans le respect des orientations données par le conseil d’administration.
Il est assisté dans ses fonctions par des Directeurs Techniques et des Chefs Services.